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基因组DeNovo测序

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基因组DeNovo测序

产品描述信息

基因组De Novo测序即基因组从头测序,是指对基因组序列未知或没有近缘物种基因组的某个物种的全基因组序列的测序。不需要任何参考序列资料即可对某个物种进行测序,然后用生物信息学手段对测序序列进行拼接、组装和注释,从而获得该物种的基因组序列图谱。采用全基因组从头测序技术,我们可以得到动植物、细菌、真菌等的全基因组序列,从而推进及加速该物种的研究。绘制完成一个物种基因组序列图谱,意味着这个物种学科和产业的新开端!这也将带动本物种下游一系列研究的开展。全基因组序列图谱完成后,可以构建该物种的基因组数据库,为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台;为后续的基因挖掘、功能验证提供DNA序列信息。源泉宜科有丰富的经验,已经完成多个物种基因组测序,可以高效、低成本地完成所有物种的基因组序列图谱。

产品详细信息

 

 

产品特点

 

1、高通量测序效率高,成本低;

2、高深度测序:准确率高; 

3、全球领先的基因组组装软件:采用Trinity组装软件;
 
4、经验丰富:源泉宜科已经成功完成多个物种的全基因组从头测序。

 

技术参数 

 

 1、样品类型:DNA样品;

 

2、样品需求量(单次):小片段文库≥ 3μg;2kb大片段文库≥20μg;5kb-6kb大片段文库≥ 20μg;10kb文库≥30μg ;20kb和40kb

 

3、大片段文库≥ 60μg;PCR-free文库≥ 30μg;总样品量需根据实验策略,如建库类型及建库数量而定;

 

4、样品浓度:对于小片段文库≥ 30 ng/μl;对于对于大片段文库≥100ng/μl;

 

5、样品质量:基因组完整;

 

6、样品纯度:OD260/280= 1.8~2.0。

 

成功案例

 

  【案例一】:野骆驼是世界上惟一能靠喝盐水生存的动物。已有的研究表明,由于骆驼生活在干旱的荒漠地区,经过长期的自然选择,具有许多其它动物所不具备的生理特性。如骆驼具有极强的耐渴和耐高温能力、对植被具有超强的适应力以及特殊的免疫系统。基因图谱分析显示,双峰驼全基因组大小为2.38Gb,共编码20821基因,其中发现了4756个双峰驼独有基因。

 系统发育分析显示,在已完成基因组测序的物种中,双峰驼与同属偶蹄目的牛的遗传关系最近,推测牛和双峰驼分化时间大约在5500万—6000万年前。这一结果同在北美首次发现骆驼科化石证据的时间(5000万年)基本吻合。
 

研究还表明,骆驼能耐受高血糖的部分原因是基因发生变异,这些基因变异特征同人类的II型糖尿病很像。其中调节胰岛素信号途径的基因属于双峰驼部分快速进化基因的一类。对骆驼胰岛素应答的进一步研究有助于了解人类胰岛素调控和糖尿病机理。该成果在《Nature》子刊Nature Communications上作为封面文章在线发表。

 

【案例二】:蝎子是一类特殊的节肢动物,历经四亿多年的生存与进化,仍然保留了古生代远祖的主要形态结构特征,因而被视为“活化石”。研究人员对蝎子及其毒素持续进行了近20年的深入系统研究,在我国的蝎子资源及蝎毒素的研究方面,取得了一系列成绩。 

 

 

   近来,为了揭示蝎子长期生存及适应模式的遗传基础,在国际上第一个完成了全世界生物量最大的蝎种——马氏正钳蝎(俗称东亚钳蝎)的基因组测序,预测了32,016个蛋白质编码基因。

 

     通过对蝎子基因组及转录组的进一步分析,阐明了蝎子的捕食、夜间行为、感光与解毒等相关重要遗传特征的分子基础。这些结果显示了蝎子在漫长的进化过程中对环境的适应性机制。

   马氏正钳蝎基因组的解析,揭示了一种独特的节肢动物适应模式,使我们对通常认为活化石蝎子的遗传基础有了新的认识。此外,马氏正钳蝎是中药及其它民族医药的重要原料,在我国有2000余年的药用史,被用于治疗如类风湿关节炎、中风、癫痫症和慢性疼痛等疾病。

【案例三】:华根霉菌是我国传统酿造工业中的重要功能的丝状真菌,也是许多工业品和酶制剂如L-乳酸、延胡索酸、脂肪酶、溶栓酶等的生产菌株。通过华根霉菌基因组的测定和华根霉菌基因及相关代谢的分析,加深了对华根霉菌的微生物生理生化及在大曲和传统酿造过程中的代谢机制和作用的认识。

 

参考文献

 

  [1] Cao ZYu YWu Y, Li W, et al.The genome of Mesobuthus martensii reveals a unique adaptation model of arthropods. Nat Commun.2013;4:2602.

[2] Jirimutu, Wang Z, Ding G, Chen G, et al.Genome sequences of wild and domestic bactrian camels.Nature Communications Volume:3,Article number:1202 DOI: doi:10.1038/ncomms2192.

[3] Li R, Wang J, et al. The making of a new pathogen: Insights from comparative population genomics of the domesticated wheat pathogen Mycosphaerella graminicola and its wild sister species. Genome Res. 2011 Dec; 21(12):2157-66.

[4] Junjie Qin, Yujun Cui, et alOpen-Source Genomic Analysis of Shiga-Toxin–Producing E. coli O104:H4. N Engl J Med. 2011 Aug 25; 365(8): 718-24.

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